Guna mewujudkan visi tersebut, Program Studi Magister Teknik Lingkungan menetapkan misi sebagai berikut:

1. Melakukan evaluasi secara terencana dan teratur dalam penyelenggaraan institusi untuk meningkatkan kualitas profesionalitas, kapabilitas, akuntabilitas dan tata
2. Menyelenggarakan pendidikan magister yang terbaik di bidang Rekayasa dan Manajemen Lingkungan sehingga menghasilkan lulusan yang kompetitif serta memiliki jiwa kewirausahaan yang tinggi.
3. Melakukan riset dan publikasi serta upaya mendapatkan kepemilikan Hak Atas Kekayaan Intelektual dalam bidang Rekayasa dan Manajemen Lingkungan.
4. Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat dan kerjasama dengan pemangku kepentingan (stakeholders) untuk menghasilkan solusi tepat guna terhadap permasalahan lingkungan sebagai upaya penerapan keilmuan di bidang Rekayasa dan Manajemen Lingkungan.kelola serta kemandirian.